胚葉の由来は器官内の組織ごとに追う

外胚葉は表皮や神経系の基盤などへ、中胚葉は体幹の多くの骨格筋、心筋、血管内皮などへ、内胚葉は胃腸管の多くの内面上皮や気管・気管支・肺胞の上皮などへつながります。血管内皮は血管の内面を覆う細胞層です。一つの器官が一つの胚葉だけでできるとは限りません。例えば小腸壁の内面上皮は内胚葉、平滑筋層は中胚葉に由来します。皮膚の表皮と、その下の真皮も異なる組織です。真皮は表皮の下で支える結合組織で、部位によって由来も違います。現在内側にあることや神経から調節を受けることは、その細胞が内胚葉や神経由来である根拠にはなりません。

小腸壁の上皮と平滑筋の由来

小腸の横断面に中央の内腔、その周囲の内面上皮、さらに外側の平滑筋層がある。内面上皮に内胚葉由来、平滑筋層に中胚葉由来を直接対応させる。
小腸壁の内面上皮は内胚葉、平滑筋層は中胚葉に由来する。内面を覆う上皮と、壁を収縮させる筋は同じ組織ではない。一つの器官の中にも異なる由来の組織が組み合わさる。現在の内外位置や神経による調節だけで細胞の系譜を決めない。